Revenu en Italie, il erra dans diverses villes. 

Il n'echappera pas à l'inquisition qui l'arrêtera le 27 décembre 1789. En effet, le pape Pie VI ordonna son arrestation et après un procès truqué et quarante sept interrogatoires, Gagliostro est condamné à la prison à perpétuité. Sur la place Minerva à Rome, on brûle ses décors maçonniques.

Enfermé au fort de San Leo, il va y passer le reste de sa vie dans des conditions épouvantables au fond d'un cachot nommé il Pozetto, signifiant oubliettes. Il mourut le 26 Août 1795.

Son personnage inspirera Schiller, dans Le Visionnaire, Goethe, dans le Grand Cophte, ou encore Gérard de Nerval, pour les Illuminés.

 Cagliostro franc-maçon

Cagliostro aurait reçu une initiation rosicrucienne à Malte entre 1766 et 1768. En 1778, il fonde en Hollande une première loge d'un genre nouveau, un rite égyptien (Misraïm). Après avoir voyagé dans toute l'Europe, Cagliostro arrive à Lyon en octobre 1784.

C'est là qu'en décembre il inaugure "La Sagesse Triomphante",le rite de la Haute Maçonnerie Egyptienne. Bien que ne possédant que trois degrés, le Rite de memphis semble lui être indirectement relié.

 Il est actuellement encore difficile d'établir où Cagliostro a été réellement initié et comment il a bâti son ordre.

Celles-ci s'intitulaient « les deux quarantaines »

La première permet au maçon égyptien de devenir « moralement parfait », et la seconde de devenir « physiquement parfait ».

On retrouve dans la pratique rituelle et personnelle de Cagliostro une théurgie, une magie religieuse et surtout, une recherche de l'immortalité, autant d'éléments qui l'apparentent aux pratiques et aux aspirations de la sagesse égyptienne.

A l'occasion de la tenue d’un grand convent international organisé par le régime maçonnique des Philalèthes, chacun est invité à donner son avis sur l'ordre le plus apte à conduire ses adeptes vers la Sagesse.

Cagliostro aurait dit: « Ne cherchez plus, Messieurs, l'expression symbolique de l'idée divine : elle est créée depuis soixante siècles par les Mages d'égypte. Hermès-Thot en a fixé les deux termes. Le premier, c'est la Rose, parce que cette fleur présente une forme sphérique, symbole le plus parfait de l'unité, et parce que le parfum qui s'en exhale est comme une révélation de la vie. Cette rose fut placée au centre d'une Croix, figure exprimant le point où s'unissent les sommets de deux angles droits dont les lignes peuvent être prolongées à l'infini par notre conception, dans le triple sens de hauteur, largeur et profondeur. Ce symbole eut pour matière l'or, qui signifie, dans la science occulte, lumière et pureté ; le sage Hermès l'appela Rose-Croix, c'est-à-dire Sphère de l'Infini ».